El primer observatorio astronómico de época clásica, se encontró e identifico en Uaxactún, y ayudó para identificar de doce a dieciocho observatorios semejantes en otros sitios de la época clásica. Uaxactún llama particularmente la atención del los arqueólogos por cinco razones:

Posee estelas consideradas entre las más antiguas en el territorio maya: La estela 9 que data de 8.14.10.13.15 (328 de la era cristiana). Además encierra 10 de las 13 estelas que se conocen fechadas en el Baktun 8, hacia el final del cual comenzaron los mayas a erigir monumentos de piedra

La institución Carnegie de Washington llevó a cabo estudios arqueológicos, en este sitio por espacio de doce años (1926-1937) durante los cuales se recogieron valiosos datos científicos y material arqueológico de toda clases incluyendo los más bellos ejemplares de vasijas de barro policromadas que se han encontrado en el territorio maya. Gracias a estas excavaciones en Uaxactún la ciudad de la época clásica, de la que más se sabe.

Como resultado de las extensas excavaciones hechas en Uaxactún, las asociaciones directas entre tipos arquitectónicos y fases cerámicas, y sus correspondientes fechas aproximadas en la cronología maya, se han establecido con tanta seguridad que puede servir como términos de comparación en toda el área maya.

Una hermosa pintura mural de la época clásica fue encontrada en la estructura B-XIII en Uaxactún que probablemente representa una ceremonia religiosa. Hay en ella la figura de una mujer sentada en un estrado, en el interior del edificio de techo plano y afuera se ven otros veinticinco individuos de pie.

Debajo de esta escena hay una banda horizontal de 72 signos de día que comienza con el día 12 Imix y termina con el día 5 Eb. Evidentemente se trata de un Tzolkin, o años sagrado de 260 días. Este fresco está pintado de rojo anaranjado amarillo, gris y negro sobre fondo blanco. Cuando se le descubrió se hallaba en admirable estado de conservación. Data probablemente del periodo antiguo de la época clásica y es una de las pinturas murales mas antigua del área maya.